您提交离职申请后查出怀孕，以下特殊情况会影响问题处理：1.离职申请中约定了“即时解除”条款：若您与公司在离职申请中协商一致“提交申请当日解除劳动关系”（符合《劳动合同法》第三十六条），则劳动关系已合法解除，您无法以怀孕为由要求恢复，但仍可检查解除协议是否侵犯孕期权益（如未支付法定补偿）；2.公司存在违法情形导致您提交离职申请：若您因公司未缴纳社保、拖欠工资等违法行为提交离职申请（即“被迫离职”），即使查出怀孕，仍可主张被迫离职的经济补偿，同时要求公司支付孕期相关待遇；3.您处于试用期且已过3日通知期：若您是试用期员工，提交离职申请已满3日，劳动关系已解除，此时查出怀孕无法要求恢复，但可检查公司是否存在其他孕期歧视行为（如因怀孕加速离职流程）。
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您提交离职申请后查出怀孕，人事称流程已走完，首先明确：提交离职申请不直接解除劳动关系，您有权通过合法途径维护孕期权益。提交离职申请后查出怀孕，您的劳动关系尚未正式解除，可依法主张权益。1.若您提交的是试用期离职申请（提前3日通知）：需确认3日通知期是否届满，若未届满，可书面撤回离职申请，主张孕期劳动保护；2.若您提交的是正式员工离职申请（提前30日通知）：30日通知期内劳动关系仍存续，您可与公司协商撤回申请，公司无权因怀孕强制推进离职流程；3.若公司已出具解除劳动合同证明但未实际履行：您可向劳动监察部门投诉或申请仲裁，要求恢复劳动关系。
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针对您提交离职申请后查出怀孕的情况，《劳动合同法》对离职程序和孕期保护有明确规定，为您的权益提供法律依据。根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位可解除劳动合同，但该通知期内劳动关系仍存续。同时，《劳动法》第二十九条规定，女职工在孕期内，用人单位不得依据非过错性辞退（如《劳动合同法》第四十条、四十一条）解除劳动合同。您提交离职申请后查出怀孕，若公司在通知期内或未完成合法解除程序就终止劳动关系，属于违反孕期保护规定。即使人事称“流程已走完”，若未满足法定解除条件（如您未完成通知期、公司未协商一致），该解除行为无效，您有权要求恢复劳动关系或主张赔偿。
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您提交离职申请后查出怀孕，若处理不当可能面临以下法律风险：1.劳动关系被违法解除的风险：若公司无视您的怀孕情况，强行依据未完成的离职流程终止劳动关系，您将失去孕期、产期、哺乳期的工资及社保待遇。例如：公司在您提交离职申请10天后（未到30日通知期），以“流程已走完”为由停发工资、停缴社保，导致您无法享受孕期产检报销等福利；2.证据不足无法维权的风险：若您未保留撤回离职申请的证据、怀孕诊断证明的送达记录，公司否认您的孕期状态或撤回意愿，您在仲裁或诉讼中可能因证据链断裂败诉。例如：您口头告知人事怀孕并撤回申请，但未留存聊天记录或书面材料，公司主张您已自愿离职，您无法证明公司违法解除。

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