合同补充条款与正文冲突时，优先适用双方明确约定的条款。以下分情况说明：
1. 若合同明确约定了冲突解决顺序（如“补充条款效力优先于正文”或“特殊约定优先于一般约定”），则按约定处理。例如，合同正文约定银行转账付款，补充条款注明“以支票为准”，且有“补充条款与正文不一致的，以补充条款为准”声明，此时适用支票付款的补充条款。
2. 若合同未约定冲突解决顺序，但补充条款是对正文某具体事项的特别约定，根据“特别条款优于一般条款”规则，补充条款效力优先。比如，正文约定一般违约责任（支付合同金额10%违约金），补充条款针对逾期交货约定“每日按逾期部分货款
0.5%支付违约金”，则逾期交货纠纷适用补充条款。
3. 若补充条款与正文属于同一层级的一般约定，无法区分特别与一般，需结合合同目的、交易习惯及诚实信用原则判断双方真实意思。例如，正文约定“货物质量按行业通用标准”，补充条款写“按甲方企业标准”，此时需查看双方沟通记录、过往交易质量要求等，确定哪一标准更符合合同目的。

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